第24回JSL2部は、16チームが、前期リーグ、後期リーグに分かれて開催。
前期リーグでは、東ブロック、西ブロックに分かれて開催。後期リーグは、前期リーグの順位により、上位リーグと下位リーグに分けて開催。前期・後期で勝敗は引き継がない。
後期リーグは、上位リーグ参加チームの年間順位1位〜6位が確定。なので、1位〜6位順位決定リーグともいえる。
1988年JSL2部順位表
最終順位
| 順位 | チーム |
|---|---|
| 1 | 東芝 |
| 2 | 日立 |
| 3 | 田辺製薬 |
| 4 | 富士通 |
| 5 | マツダ |
| 6 | トヨタ |
| 7 | NTT関東 |
| 8 | 大阪ガス |
| 9 | 甲府クラブ |
| 10 | 新日鐵 |
| 11 | コスモ石油 |
| 12 | 川崎製鉄 |
| 13 | 帝人 |
| 14 | 東邦チタニウム |
| 15 | NTT関西 |
| 16 | 藤枝市役所 |
JSL2部で優勝した東芝サッカー部は、JSL1部昇格を決める（自動入れ替え）。
1988年JSL2部後期リーグ順位表
上位リーグ
| 順位 | クラブ | 勝点 | 試合 | 勝利 | 引分 | 敗戦 | 得点 | 失点 | 得失差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 東芝 | 21 | 14 | 8 | 5 | 1 | 20 | 10 | 10 |
| 2 | 日立 | 18 | 14 | 8 | 2 | 4 | 13 | 9 | 4 |
| 3 | 田辺製薬 | 17 | 14 | 6 | 5 | 3 | 17 | 13 | 4 |
| 4 | 富士通 | 16 | 14 | 6 | 4 | 4 | 16 | 15 | 1 |
| 5 | マツダ | 14 | 14 | 5 | 4 | 5 | 16 | 9 | 7 |
| 6 | トヨタ | 12 | 14 | 5 | 2 | 7 | 18 | 18 | ±0 |
| 7 | NTT関東 | 12 | 14 | 3 | 6 | 5 | 18 | 20 | -2 |
| 8 | 大阪ガス | 2 | 14 | 0 | 2 | 12 | 5 | 29 | -24 |
1988年JSL2部前期リーグ順位表
東ブロック
| 順位 | クラブ | 勝点 | 試合 | 勝利 | 引分 | 敗戦 | 得点 | 失点 | 得失差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 東芝 | 23 | 14 | 9 | 5 | 0 | 38 | 7 | 31 |
| 2 | 富士通 | 20 | 14 | 8 | 4 | 2 | 22 | 13 | 9 |
| 3 | 日立 | 19 | 14 | 7 | 5 | 2 | 18 | 9 | 9 |
| 4 | NTT関東 | 16 | 14 | 6 | 4 | 4 | 16 | 12 | 4 |
| 5 | 甲府クラブ | 14 | 14 | 7 | 0 | 7 | 19 | 24 | -5 |
| 6 | 東邦チタニウム | 9 | 14 | 3 | 3 | 8 | 10 | 24 | -14 |
| 7 | コスモ石油 | 8 | 14 | 2 | 4 | 8 | 13 | 25 | -12 |
| 8 | 藤枝市役所 | 3 | 14 | 1 | 1 | 12 | 7 | 29 | -22 |
東芝サッカー部は、4位以内に入ったので、後期リーグは上位リーグへ。