JSLは、この年から秋春制に移行。それに合わせてJSL1部は秋春制（1986/1987年）シーズンに移行したが、JSL2部は1986年シーズンのみで行われた。JSL2部が秋春制に移行するのは、翌1987年シーズンから。
第22回JSL2部は、16チームが、前期リーグ、後期リーグに分かれて開催。
前期リーグでは、東ブロック、西ブロックに分かれて開催。後期リーグは、前期リーグの順位により、上位リーグと下位リーグに分けて開催。前期・後期で勝敗は引き継がない。
後期リーグは、上位リーグ参加チームの年間順位1位〜6位が確定。なので、1位〜6位順位決定リーグともいえる。
1986年JSL2部順位表
最終順位
| 順位 | チーム |
|---|---|
| 1 | 住友金属 |
| 2 | トヨタ |
| 3 | 田辺製薬 |
| 4 | 西濃運輸 |
| 5 | 東芝 |
| 6 | 大阪ガス |
| 7 | 甲府クラブ |
| 8 | コスモ石油 |
| 9 | 新日本製鐵 |
| 10 | 富士通 |
| 11 | 全日空横浜 |
| 12 | 川崎製鉄水島 |
| 13 | 東邦チタニウム |
| 14 | NTT関西 |
| 15 | TDK |
| 16 | 京都府警 |
1986年JSL2部後期リーグ順位表
上位リーグ
| 順位 | クラブ | 勝点 | 試合 | 勝利 | 引分 | 敗戦 | 得点 | 失点 | 得失差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 住友金属 | 22 | 14 | 9 | 4 | 1 | 20 | 4 | 16 |
| 2 | トヨタ | 16 | 14 | 6 | 4 | 4 | 19 | 12 | 7 |
| 3 | 田辺製薬 | 14 | 14 | 3 | 8 | 3 | 11 | 9 | 2 |
| 4 | 西濃運輸 | 14 | 14 | 4 | 6 | 4 | 9 | 11 | -2 |
| 5 | 東芝 | 13 | 14 | 4 | 5 | 5 | 12 | 11 | 1 |
| 6 | 大阪ガス | 12 | 14 | 5 | 2 | 7 | 12 | 20 | -8 |
| 7 | 甲府クラブ | 11 | 14 | 5 | 1 | 8 | 12 | 15 | -3 |
| 8 | コスモ石油 | 10 | 14 | 3 | 4 | 7 | 8 | 21 | -13 |
1986年JSL2部前期リーグ順位表
東ブロック
| 順位 | クラブ | 勝点 | 試合 | 勝利 | 引分 | 敗戦 | 得点 | 失点 | 得失差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 東芝 | 23 | 14 | 10 | 3 | 1 | 24 | 7 | 17 |
| 2 | 住友金属 | 21 | 14 | 9 | 3 | 2 | 36 | 9 | 27 |
| 3 | 甲府クラブ | 15 | 14 | 6 | 3 | 5 | 15 | 15 | ±0 |
| 4 | コスモ石油 | 14 | 14 | 5 | 4 | 5 | 17 | 15 | 2 |
| 5 | 全日空横浜 | 13 | 14 | 4 | 5 | 5 | 20 | 18 | 2 |
| 6 | 富士通 | 13 | 14 | 6 | 1 | 7 | 16 | 20 | -4 |
| 7 | 東邦チタニウム | 12 | 14 | 4 | 4 | 6 | 13 | 19 | -6 |
| 8 | TDK | 1 | 14 | 0 | 1 | 13 | 8 | 46 | -38 |
東芝サッカー部は、4位以内に入ったので、後期リーグは上位リーグへ。