(Jリーグが始まったころの話で現在は改正されたのかもしれませんが)
クラブ間で合意されれば、移籍係数いっぱいの移籍金は必要ありません。
基本はクラブ間の合意です。

移籍係数が実際に使われるのは
クラブ間で話し合いがこじれ、
協会に移籍金の判定をしてもらう場合に使われるそうです。

出典
「Ｊリーグ　プロ制度構築の軌道」著：ｊリーグ法務委員会　自由国民社